La Universidad Metropolitana se estableció como campus secundario del antiguo Puerto Rico Junior College en 1969. En 1980 ganó autonomía bajo el nombre de Colegio Universitario Metropolitano (CUM) y en el 1985 recibió autorización del Consejo de Educación Superior y la Middle State Association para el cambio de nombre a Universidad Metropolitana (UMET). En el 1982 estableció el Centro Universitario de Jayuya. En el 1988 se ofrecieron los primeros programas de maestría en Educación y Administración de Empresas.

A finales de los años 80, la institución revisó su misión y dio prioridad a los asuntos ambientales como un área de especialización institucional. En 1990, se creó el Instituto de Educación Ambiental (INEDA) y en 1993 el Centro de Información Ambiental del Caribe (CIAC). La Escuela de Asuntos Ambientales se estableció en el 1996 y desde entonces ha graduado a gerentes y educadores ambientales en Puerto Rico.

En el 2000, se convirtió en una institución líder en investigación sub-graduada. En el 2002, se estableció el Centro Universitario de Bayamón. Ese mismo año, la UMET recibió la acreditación de la Middle States Association. En el 2003, extendió sus ofrecimientos fuera de Puerto Rico mediante el establecimiento de un Centro en Orlando, Florida (Metro Orlando Campus). En el 2004 estableció un Centro en el Sur de la Florida (South Florida Campus). En el 2005 comenzó a ofrecer el Doctorado en Educación (E.d.D) y en el 2006 el Doctorado en Filosofía con especialidad en Docencia (P.h.D), único en Puerto Rico. Este mismo año, la UMET fue reconocida por Collegiate Entreprenuers Organization (CEO) como la mejor universidad que enseña empresarismo.

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